一般来说我们需要配备的设备如下：
1、天平
天平是实验室最基础的仪器，也是每个实验室必备仪器，用于精确称量各类试剂。现在实验室常用的是电子天平，电子天平按照精度不同有不同的级别。
2、纯水装置
水是生物实验室必不可少的，纯水装置包括蒸馏水器和纯水机。蒸馏水器的价格便宜，但在造水过程中需要有人值守;纯水机价格高些，但是使用方便，可以储存一定量的纯水。纯水使用也有不同的级别，实验中配制试剂，配制培养基均需用纯水。
2、培养箱
培养箱有多种类型，它的作用在于为微生物的生长提供一个适宜的环境。生化培养箱只能控制温度，可作为一般细菌的平板培养;霉菌培养箱可以控制温度和湿度，可作为霉菌的培养;CO2培养箱适用于厌氧微生物的培养。
4、超净工作台
微生物的培养都是在特定培养基中进行无菌培养，那么无菌培养必然需要超净工作台提供一个无菌的工作环境。
5、生物安全柜
微生物实验中涉及的试剂和样品微生物有些是有毒的，对于操作人员来说伤害较大。为了防止有害悬浮微粒、气溶胶的扩散，可以利用生物安全柜对操作人员、样品及样品间交叉感染和环境提供安全保护。
6、微生物均质器
用于从固体样品中提取细菌。用微生物均质器制备微生物检测样本具有样品无污染、无损伤、不升温、不需要灭菌处理，不需洗刷器皿等特点，是微生物实验中使用较为方便的仪器。
7、菌落计数器
菌落计数仪可协助操作者计数菌落数量。通过放大，拍照，计数等方式准确的获取菌落的数量。有些高性能的菌落计数器还可连接电脑完成自动计数的操作。
8、微波炉/电炉
用于溶液的快速加热，微生物固体培养基的加热溶化。
9、高压灭菌锅
微生物学所用到的大部分实验物品、试剂、培养基都应严格消毒灭菌。灭菌锅也有不同大小型号，有些是手动的，有些是全自动的。用户需要根据自己的需要选购。
10、移液器
液体量器用于精密量取各类液体。常见的液体量器有量筒、移液管、微量取液器、刻度试管、烧杯。
11、低温冰箱
冰箱是实验室保存试剂和样品必不可少的仪器。微生物学实验中用到的试剂有些要求是4度保存，有些要求是负20度保存，实验人员一定要看清试剂的保存条件，放置在恰当的温度下保存。
12、摇床
摇床是实验室常用的一种仪器，在微生物实验操作过程中，液体培养基培养细菌时需要在特定温度下振荡使用。
13、生物显微镜
由于微生物体积较小，所以在观察时需要借助生物显微镜。生物显微镜用于微生物和微小物品结构，形态等的观察。
14、冷冻干燥机燥机
主要适用于细菌、微生物、酵母等的干燥。用于干燥保存易脱水的产品，在加水以后能够再次恢复原材料的特性，不影响其生物活性等。通过冷冻干燥，细菌之类的材料成为干燥状态，从而不会发生化学改变。
15、分光光度计
分光光度计在微生物试验中用于测定微生物悬液的浓度，可以正确选取合适的培养时间。一般是在600nm波长测定菌液浓度。
16、恒温干燥箱
恒温干燥箱是用于灭菌和洗涤后的物品烘干。烘箱有不同的控温范围，用户可以根据实验需求进行选择。例如，有些塑料用具只能在42-45℃的烤箱中进行烘干，一般玻璃用具的烘干可以选择60℃。
17、恒温水浴锅
水浴锅是一种控温装置，水浴控温对于样品来说比较快速且接触充分。有些微生物反应需要在37度，42度，56度下水浴进行，所以恒温水浴锅可以提供需要的温度。
18、酸度计
用于配置试剂时精确测量PH值，从而保证配置的溶液的精确性。有时也需要利用pH计测定样品溶液的酸碱度。
19、离心机
用于收集微生物菌体以及其他沉淀物。离心机有冷冻和常温之分。有些样品由于在常温下不太稳定，需要低温环境，要视样品的种类而定。
20、液氮罐
液氮罐储存液氮，可用于细菌、酵母、霉菌和大型真菌等各种微生物的长期保存。
以上介绍的是微生物实验室的基本仪器配置，在组建实验室时还需要其他一些耗材，例如：
酒精灯，试管架，三角瓶，量筒，玻璃试管，灭菌吸管，凉干架，剪刀，镊子，脱脂棉，纱布，试管筐，无菌采样及称样袋，接种环，过滤器等。
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